Noong 1521, ang explorer ng Portuges na si Ferdinand Magellan na nagpunta sa Espanya ay inaangkin ang Pilipinas pagkatapos ng Espanya at pinangalanan ang mga isla pagkatapos ng Haring Philip II ng Espanya. Tinawag silang Las Felipinas. Noong 1830, ang kultura at ideya ng Espanya ay tumagos sa kulturang Pilipino, hanggang sa masimulan na isaalang-alang ng sambayanang Pilipino ang paglaya mula sa Espanya. Ang gobyerno ng Espanya ay bumuo ng agrikultura sa Pilipinas hanggang sa puntong ito ay may kakayahan.
Matapos ang maraming independiyenteng pagtatangka at ang parehong dami ng mga kabangisan sa panig ng Espanya, nagsimulang magsalita ang mga nasyonalistang Pilipino. Isa sa pinakatanyag na pigura noong panahong iyon ay si Jose Rizal. Nag-aral siya ng medisina sa Unibersidad ng Saint Thomas sa Pilipinas at Unibersidad ng Madrid. Sumulat si Rizal ng dalawang mahahalagang nobela na naglalarawan ng mga pang-aabuso sa pamamahala ng Espanya. Bagaman ipinagbawal ang mga librong ito, ipinuslit ito sa Pilipinas at malawak na nabasa. Noong Disyembre 30, 1896, sa gabing pinatay si Rizal, idineklara ni Rizal ang Pilipinas na "Perlas ng Dagat ng Tsina Tsina." Ginugunita ng mga tao ang kanyang kamatayan sa ika-30 ng Disyembre bawat taon.
Bandila ng Pilipinas Ang pagpatay kay Rizal ay nagtulak sa rebolusyon. Bagaman ang mga rebeldeng Pilipino na pinamunuan ni Emilio Aguinaldo ay hindi nagwagi ng buong kalayaan, hindi tinapos ng mga Espanyol ang paghihimagsik. Noong Disyembre 1897, ang negosasyon sa Espanya ay nakarating sa Kasunduan sa Biak-na-Bato. Ang lahat ng mga rebelde ay binigyan ng poot, at ang rebolusyonaryong pinuno ay bumalik sa Hong Kong, isang kusang pagtapon. Habang nasa Hong Kong, si Aguinaldo at ang kanyang mga kababayan ang nagdisenyo ngayon ng watawat ng Pilipinas.